中医骨伤科
　　该科设有上肢科、下肢科、整复科等3个二级科室，主要应用手法闭合复位、小夹板、石膏外固定、牵引以及经皮外固定支架，治疗各种复杂性四肢骨折、脱位、先后开展钩拉复位器治疗胫骨平台骨折、根骨骨折经皮撬拔固定术等国家中医药管理局的推广技术项目，治愈好转率达90%以上。
　　整复科
　　该科主要以传统的正骨手法，治疗各种类型的新鲜四肢闭合性骨折、脱位及软组织损伤引起的骨伤杂症，新鲜闭合骨折脱位手法复位一次成功率93.7%，使绝大部分骨折的病人免收手术的痛苦。
　　脊柱科
　　该科拥有美国Archrocare脊柱气化仪等先进仪器，在全省率先施行经皮腰椎间盘髓核摘除术(PLD)、高度选择性切除脊神经后跟治疗痉挛性脑瘫等难度较高的手术。并积极开展国内外脊柱外科新技术，如脊柱UUS、AST、AF，以及颈椎前后路手术、胸腰椎骨折椎弓根定内固定术、椎管内肿瘤摘除术等。
　　股骨头无菌性坏死专科
　　采用内外兼治的方法，辨证治疗因激素性、创伤性、酒精性、类风湿性、先天发育不良等原因所致的股骨头无菌性坏死疾患，率先在全市开展钻孔髓蕊减压、带血管肌骨瓣植骨、旋转藏骨等技术。
　　针灸推拿科
　　该科系我市中医重点专科建设项目之一，建科15年来，在原来针灸、理疗、药物离子导入等治疗方法的基础上，突出推拿按摩手法，对颈肩腰腿痛，以及各种急慢性软组织扭挫伤等病症的治疗均取得较好疗效。
　　北京大学关节病研究所泉州分中心
　　该科自1998年以来，率先在全市开展关节镜，以及人工全髋、全膝关节置换等技术，并开展严重强直性脊柱炎屈膝畸形超过60度患者双侧髋膝关节置换术，以及类风湿性、骨性关节炎双膝、双髋关节同时置换术，关节镜下一次性重建前后交叉韧带等高难度手术，至今成功施行人工全髋全膝关节置换术80例，关节镜手术200余例。
　　软(筋)伤科
　　该科是我院的特色专科，运用祖国传统医药与正骨特色的推拿、按摩、针灸、牵引、拔罐、熏洗等疗法，配合我院传统的丹、膏、丸、散等方药，综合治疗各种软组织损伤及损伤内证，以及伤后脏腑气血失调所致脏器功能紊乱诸症。
　　骨质疏松专科
　　该科采用先进的以色列Omnisense超声骨密度检测仪诊断，应用有效的中西医方法治疗原发性骨质疏松症，以及各种继发原因引起的骨质疏松，并不定期邀请南京代谢性骨病防治研究中心主任林华教授来院坐诊。
　　康复科
　　该科是我院于1998年9月引进中国康复研究中心尽先进的康复技术设备创办而成的，目前拥有我省设施较为齐全的康复训练厅，主要开展“偏瘫、脑瘫、截瘫、截肢”及骨关节病的康复训练。
　　手外科
　　该科拥有显微镜、多普勒血管探查仪等先进设备，目前开展有：各种皮瓣修复术，断肢(指)再植术，拇(手)指再造术，肌腱损伤二期修复，上肢各类畸形矫正，手功能重建等手术，其中断指(肢)成活率为96.2%，断肢、断指、断腕及断掌的成活率为97.8%。
　　内科
　　该科该站内科各系统常见病、多发病、尤其是消化系统及心血管系统疾病的诊疗工作。
　　风湿科
　　该科运用中西医结合的方法，对各类风湿类关节炎(RA)、强直性脊柱炎(AS)、银屑病关节炎、痛风性关节炎、肠病性关节炎、反应性关节炎、莱特尔综合症等进行早期诊断与治疗;科室开展的“云克”介入性治疗RA、AS取得良好的疗效。
　　创伤科
　　该科分为创伤外科2个二级科室，现与北京积水潭医院创伤科协作，主要开展各种创伤引起的骨折、颅脑损伤和胸腹部复合伤的急救和诊治，运用AO技术、交锁髓内钉手术治疗四肢、骨盆及髋臼的骨折。
　　急诊科
　　该科急救设备较为齐全，具备中西医两套诊疗技术，24小时开展各种创伤引起的骨折、脱位，以及急、危、重症病人的院前急救，于1999年加入泉州市急救网络，先后被授予市、区级“青年文明号”。
　　骨病专科
　　该科采用中西结合的方法，治疗骨结核、化脓性与非化脓性关节炎、代谢性骨病、骨肿瘤等各种急、慢性骨病，辨证用药，实现标本兼治。
　　市区门诊部
　　位于鲤城区中山中路与花巷交界处，系医院旧址。1998年，新院搬迁后，仍为旧市区骨伤医疗服务窗口，从事骨折、脱位及筋伤等疾病的诊疗、摄片及药剂工作。
　　小儿骨科
　　该科是针对小儿骨关节疾病特点创建而成的，现与北京积水潭医院小儿骨科建立协作关系，接诊范围为14周岁以下儿童的各种骨、关节疾患。
　　手术麻醉科
　　该科配有进口手术灯、电刀、监护仪、手术牵引床等先进仪器，在开展常规麻醉项目的同时，先后开展了COP、MAP、PCA等新技术，并开设疼痛门诊，为术后惑急、慢性疼痛患者做好镇痛工作。
　　中药净化制剂中心
　　该科创建于1962年，现为泉州市重点中医建设项目，系泉州市唯一一家通过中药制剂许可证换证验收的医院。1995年投建新院中药制剂室，至今共收集老中医祖传秘方及研制专病药方6种剂型，20个品种规格。
　　影像科
　　该科配备有手提式X线透视机，手术用C臂X光机以及日常放射必备仪器，开展一些常规的放射学检查、诊断，为临床治疗提供监察科，主要开展B超、心电图机定量超声骨强度等检查。
　　检验科
　　主要开展血液细胞学、细菌学等常规监测，并开展HLA-B27、AKA(抗角蛋白抗体)、APE(抗核周因子)、隐形类风湿因子以及骨质疏松症的生化检测，出色完成大中专生体检、兵检等检验任务。