药学部包括静脉配置中心、中/西药房、煎药室、制剂室、临床药学室和药检室等多个二级科室。全科现有药学专业技术人员42名，其中高级职称人员4名，中级职称人员 17人，硕士研究生3名。药学部拥有丸剂、散剂、膏药、搽剂、酒剂、胶囊剂等多种剂型、临床疗效确切的自制药，其中正骨活络油、吊膏等22种中药制剂品种具备福建省食品药品监督管理局正式批准文号，已纳入泉州市医保目录报销范畴。泉州正骨吊膏还被列入福建省第七批省级非物质文化遗产代表性项目名录。药学部在门诊服务区专门设立了药师咨询室，提供专业的药事服务，保障患者用药的安全、合理、经济，并提供中药代煎、药品快递、特色药膳、用药咨询、患者用药教育等惠民、便民服务。同时，科室积极参与公益科普、宣传中药文化，参加省级各项中药知识技能大赛，扎实业务能力。近年来先后获得福建省巾帼文明示范岗、福建省药膳技能大赛团体二等奖、“福建省金牌工人奖”、福建省中药传统技能大赛团体三等奖、中药调剂单项第一名、泉州市药品质量管理先进单位、泉州市药械不良反应示范点等荣誉称号。