对于强直性脊柱炎的诊断，一般并不困难，但在临床上常常碰到不典型的病例，若医师警惕性不高，则极易发生漏诊；另外，某些引起腰背痛的疾病，如脊柱、骨盆原发或转移的肿瘤，腰椎间盘突出等，也常易被误诊为强直性脊柱炎。                  

强直性脊柱炎早期仅表现为腰骶、下背部疼痛及晨僵，常不引起注意而被误诊为其他疾病，有半数病例延至发病3年以后才被确诊为本病。

在临床上，强直性脊柱炎需同类风湿关节炎、骨关节炎、椎间盘突出症、急慢性腰肌劳损等鉴别。

1 类风湿关节炎（RA）：AS与RA的主要区别是：(1) AS在男性多发而RA女性居多。(2) AS无一例外 有骶髂关节受累，RA则很少有骶髂关节病变。(3) AS为全脊柱自下而上地受累，RA只侵犯颈椎。(4) 外周关节炎在AS为少数关节、非对称性，且以下肢关节为主；在RA则为多关节、对称性和四周大小关节均可发病。(5) AS无RA可见的类风湿结节。(6) AS的RF阴性，而RA的阳性率占60%~95%。(7) AS以HLA-B27阳性居多，而RA则与HLA-DR4相关。AS与RA发生在同一患者的机遇为1/1~20万。
　　2 椎间盘突出：强直性脊柱炎的腰痛是炎痛，主要以静息痛为主，休息时疼痛加重，经活动后可缓解。而腰椎间盘突出引起的腰痛是主要以久站、劳累后疼痛加重为主，无疲劳感、消瘦、发热等全身表现，所有实验室检查包括血沉均正常。如有必要可进行CT或MRI等以明确诊断。
　　3 结核：对于单侧骶髂关节病变要注意同结核或其他感染性关节炎相鉴别。